Comitê do Programa (CP), instância deliberativa colegiada composta por órgãos e entidades das diferentes esferas de governo e por representantes da sociedade civil, mantendo a paridade entre os dois setores.
A finalidade do Comitê de Programa é assegurar o cumprimento de seus objetivos. Para tanto, o Comitê aprova estratégias de ação, define procedimentos e diretrizes, cria critérios para a assinatura de acordos e contratos, analisa e aprova o Plano Operacional Anual, analisa e emite pareceres sobre os relatórios técnicos e financeiros.
Governo:
* Secretário Executivo do Ministério do Meio Ambiente (MMA), Francisco Gaetani, que preside o Comitê.
* Secretário de Biodiversidade e Florestas/MMA (vice-presidente), Bráulio Dias, ou seu representante, Diretor de Áreas Protegidas, Fábio Araújo Silva França;
* Diretor do Departamento de Prevenção e Controle ao Desmatamento/MMA, Mauro Pires, ou sua representante, Nazaré Soares, Gerente de Projeto;
* Presidente do Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio), Rômulo Melo, ou Ricardo Soavinsk, Diretor de Proteção Integral do ICMBio;
* Representantes dos estados da Amazônia, indicados pela Associação Brasileira de Entidades Estaduais de Meio Ambiente (ABEMA), Srª Eliani Fachim do Estado do Mato Grosso ou seu suplente Alexandre Batistella, e pelo estado do Tocantins, Sr. Antônio Carlos Pereira Santiago.
Sociedade Civil:
* 2 representantes das Redes Socioambientais da Amazônia, sendo um do Grupo de Trabalho Amazônico (GTA), Srª Ivaneide Bandeira ou seu suplente Adilson Vieira de Jesus, e outro do Conselho Nacional dos Seringueiros (CNS), Sr. Joaquim Belo ou seu suplente Juan Carlos Rueda;
* 2 representantes de ONGs ambientalistas eleitas entre as entidades da Amazônia, Sr Carlos Durigan, pela Fundação Vitória Amazônia, ou seu suplente Sérgio Borges; e Sr. Miguel Scarcello pela SOS Amazônia;
* 1 representante do Funbio, Srª Rosa Maria Lemos Sá ou seu suplente Sr. Fábio Leite;
* 1 representante dos doadores privados, Srª Denise Hamu, Secretária Geral da WWF-Brasil, ou seu suplente Sr. Cláudio Maretti.