En la actualidad, el ARPA cubre unos 52 millones de hectáreas distribuidas en 95 áreas protegidas, federales y estatales. Además, apoya también 17 áreas protegidas que están en fase de creación (con 6 millones de hectáreas).
Ya sean de protección integral o de uso sostenible, las áreas protegidas que apoya el ARPA protegen ecosistemas considerados clave para la integridad de la Amazonia y de su sociobiodiversidad.
Los recursos económicos del Programa llegan a las áreas protegidas en forma de bienes, consultorías y servicios que permiten la ejecución de actividades relacionadas con su gestión.
Para facilitar el día a día de los gestores, el Funbio creó la denominada cuenta vinculada, una especie de cuenta común que mantiene con las áreas protegidas que apoya. Se utiliza para cubrir pequeños gastos diarios y se alimenta de nuevo automáticamente tras la rendición de cuentas.