O Componente de Sustentabilidade Financeira do Programa Arpa tem como objetivo desenvolver e implementar mecanismos financeiros capazes de prover recursos para a manutenção das unidades de conservação apoiadas pelo programa no longo prazo.
Além de estudar e testar mecanismos para geração de receita baseados nos ativos das UCs, como a visitação pública, este componente estabeleceu o Fundo de Áreas Protegidas (FAP) como uma estratégia de longo prazo, complementar ao orçamento público, para cobrir custos recorrentes das unidades de conservação consolidadas pelo Arpa.
O Fundo de Áreas Protegidas (FAP) é um fundo fiduciário de capitalização permanente. Como tal deverá gerar rendimentos líquidos suficientes para cobrir, sem uso do capital principal, os custos associados a atividades inerentes à gestão eficaz de uma UC consolidada, como atividades de proteção e operacionalização da unidade e manutenção do conselho gestor.
O Funbio, parceiro do Ministério do Meio Ambiente para implementação do Programa Arpa, é a instituição responsável pela execução do Componente Sustentabilidade, incluindo a gestão do FAP e de seus ativos. Durante a Fase 1 do Programa, o FAP recebeu os seguintes aportes:
| Doador | Valor em US$ |
| GEF/BM | 14.500.000,00 |
| WWF-Brasil | 7.782.203,54 |
| O Boticário | 800.000,00 |
| Natura | 600.000,00 |
| Total:23.682.203,54 | |
O FAP chegou ao final da Fase 1 do Arpa, em 2008, capitalizado com cerca de US$ 29,7 milhões. Para a Fase 2, a meta é alcançar US$ 140 milhões até 2013.
Durante a Fase 2, o sistema de governança e de gestão do FAP será estruturado para garantir a sua adequação aos princípios do Arpa e às necessidades de recursos do conjunto de áreas protegidas que continuarão a receber apoio após o ciclo de investimentos do programa.
Novas doações ao FAP provenientes do Banco de Desenvolvimento da Alemanha (KfW) e das empresas brasileiras O Boticário e Natura estão previstas para ocorrer ao longo do ano de 2010.