A segunda fase, prevista para o período de 2010 a 2015, apresenta como metas principais a criação de novas áreas, a consolidação de áreas protegidas e a capitalização do FAP.
A segunda fase do Programa, orçada em US$ 121 milhões, incluindo contrapartida dos governos estaduais e federal, teve início em outubro de 2010 com a liberação de R$ 5 milhões, correspondentes à primeira parcela da doação do BNDES, de R$ 20 milhões. Além deste recurso, o KfW e o Banco Mundial aportam, respectivamente, EUR 20 milhões e US$ 15,9 milhões.
As metas da Fase II são:
- Apoiar a criação de 13,5 milhões de ha de novas UCs de proteção integral e uso sustentável.
- Consolidar de 32 milhões de ha de UCs apoiadas na primeira fase, incluindo 6,5 milhões de ha de UCs ainda não apoiadas pelo Programa. Serão consolidados 23 milhões de ha em grau I e 9 milhões de ha em grau II.
- Capitalizar o Fundo de Áreas Protegidas (FAP) em US$ 70 milhões (correspondente a soma do que foi capitalizado na Fase I US$ 24,28 milhões com o que será capitalizado na Fase II).