A segunda fase, entre 2010 e 2017, apresentou como metas principais a criação de novas áreas, a consolidação de áreas protegidas e a capitalização do FAP (Fundo de Áreas Protegidas). A segunda fase do Programa, orçada em US$ 121 milhões, incluindo contrapartida dos governos estaduais e federal, teve início em outubro de 2010 com a liberação de R$ 5 milhões, correspondentes à primeira parcela da doação do BNDES, de R$ 20 milhões. Além deste recurso, o KfW e o Banco Mundial aportam, respectivamente, EUR 20 milhões e US$ 15,9 milhões.
As metas e resultados da Fase II estão listados abaixo:
