O Comitê do Programa (CP) é a instância de direção do Programa ARPA, tendo sua composição disposta em decreto e contando com as seguintes atribuições:
a) Deliberar sobre o planejamento estratégico do Programa ARPA, estabelecendo procedimentos, diretrizes e critérios para a formalização de convênios e contratos nele previstos;
b) Acompanhar e avaliar as atividades do Programa ARPA;
c) Articular a participação dos órgãos governamentais e dos governos estaduais da Amazônia, organizações da sociedade civil e doadores no Programa ARPA;
d) Analisar e emitir pareceres sobre os relatórios de desempenho técnico-financeiro com vistas a garantir o desempenho e o alcance das metas do Programa ARPA;
e) Analisar e aprovar o planejamento plurianual do Programa ARPA; e
f) Convocar o Painel Científico de Aconselhamento.
O CP retém a capacidade de aprovar quaisquer alterações que venham a ser propostas para o Módulo 1 do MOP, bem como o de submeter sugestões de alteração ao Módulo 2 preparadas pela UCP/MMA.