O Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio) é o órgão gestor das Unidades de Conservação federais. Na esfera estadual, os órgãos gestores das Unidades de Conservação são os seguintes: Secretaria Estadual do Meio Ambiente do Acre (SEMA / AC); Secretário de Estado do Meio Ambiente do Amapá (SEMA / AP); Secretaria de Desenvolvimento Sustentável do Amazonas (SDS / AM), Secretaria Estadual de Meio Ambiente e Recursos Naturais do Maranhão (SEMA / MA); Secretaria Estadual do Meio Ambiente do Mato Grosso (SEMA / MT), Instituto Natureza do Tocantins (Naturatins), Secretaria Estadual de Meio Ambiente do Pará (SEMA / PA) e (Secretaria de Estado do Desenvolvimento Ambiental de Rondônia (SEDAM / RO).
Os órgãos gestores das UCs, atores-chave na governança do FAP, devem:
- Disponibilizar anualmente informações sobre a aplicação de recursos do FAP nas UCs contempladas pelo Fundo;
- Comprovar a contrapartida do órgão relativa às UCs contempladas pelo FAP junto com a elaboração do Plano Operativo da Unidade de Conservação (POA) (na proporção R$ 1 de contrapartida para cada R$ 1 oriundo do FAP);
- Apoiar o monitoramento em campo e a conseqüente elaboração de relatórios sobre os avanços obtidos pelas UCs contempladas pelo FAP;
- Garantir a alocação de recursos de contrapartida governamental para a gestão das UCs;
- Garantir alocação de equipe mínima para a gestão das UCs e sua permanência a longo prazo, visando assegurar a continuidade das ações;
- Garantir no mínimo um técnico responsável por estabelecer diálogo constante entre os gestores das UCs e o Funbio, dotado de conhecimento sobre os procedimentos do órgão gestor, legitimidade e autonomia;
- Garantir o cumprimento dos compromissos acordados com o CA relativos ao FAP;
- Fornecer informações necessárias à adequada execução do POA, bem como garantir o preenchimento dentro dos prazos das ferramentas de planejamento CNUC e FAUC;
- Garantir assistência técnica para a elaboração de especificações e termos de referência, para as contratações com recursos do FAP;
- Destacar profissional habilitado para acompanhar a elaboração dos produtos de consultorias, construções e reformas contratadas com recursos do FAP;
- Garantir a destinação dos bens adquiridos e serviços contratados com recursos do FAP exclusivamente às UCs solicitantes;
- Após a doação dos bens ser efetivada pelo Funbio, cabe ao órgão gestor manter a documentação de suporte e patrimônio (inventário dos bens) atualizada e organizada;
- Garantir o cumprimento do Acordo de Cooperação celebrado entre o Órgão Gestor e o Funbio;
- Providenciar assinatura e publicação dos Acordos de Cooperação Técnica ou seus aditamentos;
- Elaborar os Planos Operativos (POA) das UCs e encaminhar ao Funbio.